１９１３年３月２０日，袁世凱雇兇在上海暗殺了宋教仁。孫中山發(fā)動(dòng)二次革命，江西和南京地區(qū)聞風(fēng)而動(dòng)，但不久失敗。他遭到通緝，逃往日本，并組建中華革命黨，繼續(xù)革命。
在孫中山投身實(shí)業(yè)后，宋教仁為了使中華民國成為真正的民主共和國，實(shí)行政黨政治，主張擴(kuò)大同盟會(huì)組織。得到孫中山、黃興同意后，在北京把統(tǒng)一共和黨、國民公黨、國民共進(jìn)會(huì)、共和實(shí)進(jìn)會(huì)與同盟會(huì)合并，改組為國民黨。孫中山到北京后的第二天，即８月２５日下午，在北京湖廣會(huì)館召開了國民黨成立大會(huì)。孫中山發(fā)表演講，指出“同盟會(huì)素主張者有三主義：一民族主義，二民權(quán)主義，三民生主義。今民族民權(quán)已達(dá)目的，惟民生問題尚待解決?！?/p>
這次大會(huì)選出孫中山、黃興、宋教仁、王芝祥等９人為理事。因?yàn)閷O中山專心搞鐵路建設(shè)，黃興意欲隱退，國民黨即由宋教仁代行總理職務(wù)。
按中華民國臨時(shí)約法規(guī)定，在實(shí)施一個(gè)月內(nèi)，需根據(jù)臨時(shí)參議院制定的國會(huì)選舉法進(jìn)行國會(huì)選舉。宋教仁決心努力通過選舉，使國民黨成為國會(huì)第一大黨。為此，宋教仁遍歷湖北、湖南、安徽、南京、上海等地演說、宣傳，拉得不少選票，湖南更是以百分之百票數(shù)選他為參議員。１９１２年１２月到１９１３年１月的國會(huì)選舉中，國民黨在參眾兩院的議席占多數(shù)。
一直處心積慮獨(dú)掌政府大權(quán)的袁世凱見此結(jié)果，不免大吃一驚，他不能任國民黨勢力壯大下去，決定除掉宋教仁。他先是以金錢收買，后是以官位相誘，但宋教仁不為所動(dòng)。
１９１３年３月２０日，宋教仁在黃興、陳其美、廖仲愷等人的陪同下于上海北站準(zhǔn)備登車北返。１０點(diǎn)４０分，已登上車的宋教仁遭一男子槍擊，擊中腰部，經(jīng)搶救無效去世。
孫中山此時(shí)正在日本長崎考察實(shí)業(yè)，聞?dòng)嵑罅⒓椿貒?。宋教仁之死使孫中山悲憤交加，為其題詞為：“作民權(quán)保障，誰非后死者，為憲法流血，公真第一人。”當(dāng)晚，革命黨成員聚集于黃興寓所商討對策。國民黨內(nèi)有兩派，一派主張法律倒袁，一派主張武力討袁。袁世凱的狼子野心已昭然若揭，孫中山主張立即興師討袁，還準(zhǔn)備親自赴日本尋求日本政府的援助。
宋案發(fā)生后，袁世凱也積極進(jìn)行戰(zhàn)爭準(zhǔn)備，他同五國銀行團(tuán)簽訂了２５００萬英鎊的借款合同，還通電山東都督周自齊和駐魯?shù)霓p帥張勛，令其整軍待命。
同時(shí)袁世凱于６月９日、１４日、３０日先后撤免國民黨員李烈鈞、胡漢民、柏文蔚的都督職，又派特工人員炸毀湖南軍械庫，使譚延闿無力反抗。袁世凱還在報(bào)上公開發(fā)表專電，傳語國民黨人“彼等若敢另行組織政府，我即興兵伐之”。與此同時(shí)，袁世凱詳細(xì)擬定了三路進(jìn)攻南方國民黨勢力范圍的軍事計(jì)劃。
袁世凱向五國銀行團(tuán)提出借款后，孫中山令胡漢民、陳其美分別在廣東和上海發(fā)難，但兩人均不積極。黃興也不愿意促成南京獨(dú)立，還一意堅(jiān)持利用國會(huì)進(jìn)行合法斗爭。最堅(jiān)決的是江西都督李烈鈞，他在湖口組織了討袁軍，于７月１２日發(fā)表討袁通電，二次革命正式開始。孫中山準(zhǔn)備親自到南京主持討袁。
黃興見孫中山力主武力討袁已箭在弦上，便決定親自到南京組織討袁軍務(wù)，孫中山則留在上海協(xié)助陳其美。７月１４日，黃興喬裝到達(dá)南京，當(dāng)晚召開軍事會(huì)議，組織布防。
７月１５日，黃興會(huì)晤江蘇都督程德全，促其響應(yīng)討袁。程德全被迫宣布獨(dú)立，黃興擔(dān)任討袁軍總司令，江蘇所屬徐州、鎮(zhèn)江、無錫、常州、蘇州、淞江、靖江等地相繼獨(dú)立。７月１７日，安徽宣布獨(dú)立，柏文蔚任討袁軍總司令。１８日，上海宣布獨(dú)立，陳其美為討袁軍總司令。與此同時(shí)，廣東也宣布獨(dú)立，陳炯明為討袁軍總司令。１９日，許崇智逼迫福建都督孫道仁宣布獨(dú)立，許崇智為討袁軍總司令。２５日，湖南宣布獨(dú)立。８月４日，四川宣布獨(dú)立。
坐鎮(zhèn)上海的孫中山于７月２２日致電袁世凱勸其辭職，電文說：“若公必欲殘民以逞，善言不入，文不忍?hào)|南人民久困兵革，必以前反對君主專制之決心，反對公之一人，義無反顧。”
但是，在袁世凱的全面進(jìn)攻下，二次革命面臨著嚴(yán)峻的考驗(yàn)，先是上海吃緊。討袁軍曾一度占領(lǐng)吳淞炮臺(tái)，但在敵軍炮火猛烈攻擊下進(jìn)退維谷，敵軍堅(jiān)守制造局，討袁軍多次進(jìn)攻不下。不久，討袁軍退守閘北，遭遇英軍，戰(zhàn)斗至８月１３日，上海討袁軍以失敗告終。江蘇討袁軍因相互協(xié)調(diào)不力，致使孤軍奮戰(zhàn)，遭敵猛攻，損失慘重。與此同時(shí)，陳其美等率軍進(jìn)攻上海七晝夜不下，南京討袁軍三面受敵，形勢危急，黃興無力再戰(zhàn)，于７月２９日乘日輪離開南京，直赴日本。黃興離開后，江蘇都督程德全立刻宣布取消獨(dú)立，孫中山迅速派何海鳴去接替，８月１１日，何再次宣布江蘇獨(dú)立。但袁隨即派張勛向南京大舉進(jìn)攻，南京衛(wèi)戍軍與城內(nèi)的討袁軍堅(jiān)守至９月１日，終因彈盡援絕而失敗。
在軍事上，各省討袁軍都不是北洋軍的對手，且討袁軍之間缺乏統(tǒng)一指揮，而帝國主義又出兵支持袁世凱，在敵人的猖狂進(jìn)攻下，各地討袁軍相繼失敗。從８月初開始，先前獨(dú)立的各省相繼取消獨(dú)立。經(jīng)過兩個(gè)月的鏖戰(zhàn)，二次革命最終失敗。
二次革命失敗后，袁世凱懸賞１０萬大洋追殺孫中山，孫中山不得不又一次逃亡。他攜陳其美等于８月初離開上海到達(dá)廣州，在廣州經(jīng)由日本友人幫忙搭上去往臺(tái)灣的日輪，到臺(tái)次日即由基隆轉(zhuǎn)赴日本。
在日本，孫中山一方面與革命黨人繼續(xù)策劃討袁，一方面開始總結(jié)以往歷次失利的經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)，著手改組國民黨。孫中山認(rèn)為以前所建立的民主政黨如同盟會(huì)，沒有嚴(yán)格的服從領(lǐng)袖的紀(jì)律約束，成員自由散漫、獨(dú)自行事，甚至敢于攻擊領(lǐng)袖。這些導(dǎo)致了其長期的內(nèi)部不協(xié)調(diào)，在革命中各行其是，不服從命令而至于革命失敗。對此，孫中山于１９１４年４月１８日致鄧澤如函中進(jìn)行了說明，這封信是孫中山對以往革命經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)的總結(jié)。他認(rèn)為革命之所以一路遭遇挫折，很大一部分原因在于自己號(hào)令不動(dòng)黨人，許多正確意見不能被理解和接受，委屈煩惱之情充溢于言辭之間。此時(shí)的孫中山已下定決心，重建新黨，準(zhǔn)備把國民黨改組為中華革命黨，并以“服從黨魁”的原則來約束全黨。
１９１５年７月８日，中華革命黨在東京成立
國民黨的另一重要領(lǐng)袖黃興則反對另建新黨，反對立即發(fā)動(dòng)武裝反袁斗爭，認(rèn)為組建中華革命黨會(huì)引起黨內(nèi)分歧。他認(rèn)為革命活動(dòng)接連遭受沉重打擊，已在國人中失去威信，自身也無力立即進(jìn)行有效的抵抗，因而不同意孫中山立即組織新黨以重新著手武裝革命的計(jì)劃。同時(shí)，黃興對黨員加入中華革命黨要宣誓效忠于孫中山個(gè)人，并加蓋指模的辦法更為反感，認(rèn)為這種形式等于犯罪的人寫供狀一樣，違背了孫中山所提倡的平等自由主義。
而孫中山這次抱定了“要做一個(gè)真黨魁”的決心，對黃興的態(tài)度不以為然。１９１４年５月２９日，孫中山致函黃興，歷數(shù)二人之間意見不合的歷史，明確表示這一次自己決心親臨戰(zhàn)場，以快平生之志。如不能成功，則自己退居二線，讓黃興出面領(lǐng)導(dǎo)革命。
１９１４年５月，譚人鳳、柏文蔚、胡漢民等人于東京召集有關(guān)人士，謀求統(tǒng)一加入中華革命黨一事。居正、胡漢民等響應(yīng)孫中山的勸告，同意加入中華革命黨，廖仲愷等３０余人也加入中華革命黨。
１９１４年７月８日，孫中山宣誓就任中華革命黨總理職，并將誓文中“服從孫先生”改為“統(tǒng)率同志再舉革命”，“服從命令”改為“慎施命令”。同日，頒布中華革命黨黨章，共３９條，規(guī)定以“實(shí)行民權(quán)、民生兩主義為宗旨”，將中華革命黨進(jìn)行秩序分作三個(gè)時(shí)期：（一）軍政時(shí)期。此期以積極武力，掃除一切障礙，而奠定民國基礎(chǔ)；（二）訓(xùn)政時(shí)期。此期以文明法理督率國民建設(shè)地方自治；（三）憲政時(shí)期。此期俟地方自治完備之后，乃由國民選舉代表，組織憲法委員會(huì)，創(chuàng)制憲法，憲法頒布之日，即為革命成功之時(shí)。這個(gè)總章已體現(xiàn)了孫中山的革命策略和政治綱領(lǐng)。
中華革命黨的成立，使中國民主革命又跨入一個(gè)新時(shí)期。與此同時(shí)，袁世凱加緊了其倒行逆施的步伐。１９１４年５月，袁世凱廢除中華民國臨時(shí)約法，頒布了袁記“新約法”，總攬一切大權(quán)，把自己變成終身大總統(tǒng)。袁世凱的反動(dòng)面目暴露后，激起了各方革命派的強(qiáng)烈反對，反袁的武裝運(yùn)動(dòng)也風(fēng)起云涌，孫中山也帶領(lǐng)他的中華革命黨投入到新的反袁斗爭中去。
西南護(hù)國軍傳檄護(hù)國討袁，各地紛紛響應(yīng)。孫中山指示黨人誓與袁賊斗爭到底，袁世凱在眾叛親離中宣布取消帝制，但不放棄總統(tǒng)之位，不久死去。
孫中山在日本組織中華革命黨期間，中國國內(nèi)政局又有了新變化，袁世凱為了做皇帝，上演了一幕幕復(fù)辟丑劇。１９１５年１月，日本為了乘世界大戰(zhàn)之機(jī)攫取德國在山東的權(quán)益，以支持袁稱帝為條件，向袁提出了企圖獨(dú)占中國的二十一條。袁不惜出賣國家主權(quán)，除第五條日后另行協(xié)商外，其余全部無條件接受。之后，袁世凱又抬出孔子為復(fù)辟活動(dòng)開路，定孔教為“國教”。１９１６年１月１日，袁世凱改中華民國四年為中華帝國洪憲元年，如愿以償?shù)刈隽嘶实邸?/p>
袁世凱的反動(dòng)面目逐漸暴露后，激起了各方革命派的強(qiáng)烈反對，新的反袁斗爭在暗中醞釀。蔡鍔、李烈鈞首先起義，于１９１５年１２月２５日宣布云南獨(dú)立。由于開會(huì)的地方在護(hù)國寺，又是為護(hù)國而起義，所以取名為護(hù)國軍。
中華革命黨成立以后，孫中山也在準(zhǔn)備武力討袁，任命了各省的中華革命軍總司令，派干部深入各省進(jìn)行聯(lián)絡(luò)策動(dòng)工作。他令陳其美赴上海，成立中華革命軍東南軍部；令居正赴青島，成立東北軍部；令胡漢民赴廣州，成立西南軍部；令于右任赴陜西，成立西北軍部；令夏重民、胡漢民去加拿大，組織華僑討袁敢死隊(duì)。
這些革命黨人在國內(nèi)一些城市先后舉行了暴動(dòng)、暗殺或策動(dòng)兵變等。１９１５年１月１０日，陳其美組織人在上海暗殺了袁的心腹干將鄭汝成，給袁很大震動(dòng)。緊接著陳其美、蔣介石又在上海策動(dòng)防守上海的肇和、應(yīng)瑞、通濟(jì)三艦起義，這次起義最終未獲成功。１２月，孫中山發(fā)表討袁宣言，痛斥袁世凱的種種罪行：“今袁背棄前盟，暴行帝制……既忘共和即稱民賊”，表示“誓死戮此民賊，以拯吾民”，號(hào)召“愛國之豪杰共圖之”。
１２月１７日，李烈鈞會(huì)同熊克武、方聲濤等奉孫中山的命令，潛抵昆明策動(dòng)起兵反袁。此前，孫中山已派李華英從東京前往北京與蔡鍔聯(lián)系，動(dòng)員蔡鍔南下反袁。蔡于１９１５年１１月１１日喬裝離京赴東京會(huì)晤孫中山，后從東京經(jīng)香港、河內(nèi)順利到達(dá)昆明，會(huì)同李烈鈞、唐繼堯發(fā)動(dòng)反袁起義。而唐繼堯此時(shí)仍然奉孫中山為精神領(lǐng)袖，并自言秉承孫中山關(guān)于民主共和的教導(dǎo)與啟迪而舉義反袁。所以護(hù)國之役的首發(fā)，亦未脫離孫中山的領(lǐng)導(dǎo)。
李烈鈞唐繼堯蔡鍔
１９１６年１月１日，袁世凱稱帝當(dāng)日，云南護(hù)國軍成立護(hù)國軍政府，列舉袁世凱罪狀２０條，傳檄討袁。護(hù)國軍第一軍總司令為蔡鍔，出四川入武漢；第二軍總司令李烈鈞，經(jīng)廣西、廣東，取道湖南，江西至武漢；第三軍總司令唐繼堯，擔(dān)任留守，負(fù)責(zé)后勤。
１月４日，袁世凱沿襲康熙平定三藩的戰(zhàn)略，派軍三面進(jìn)攻云南。川省為一路，湘省為一路，桂邊為一路，以曹錕為總司令，督率前進(jìn)。蔡鍔第一軍分三路入川，川軍張敬堯也以三路抵抗。１月１８日護(hù)國第一軍在敘州燕子坡、橫江地區(qū)與川軍交戰(zhàn)，護(hù)國軍連戰(zhàn)連捷，于２０日占領(lǐng)宜賓和屏山縣。
袁世凱和日本簽訂出賣主權(quán)的二十一條，并未得到日本支持他稱帝的允諾，于是又派周自齊赴日提出帝制交換條件６項(xiàng)，不惜以賣國割地為條件換取日本的支持。但日本認(rèn)為袁世凱在國內(nèi)已成眾矢之的，行將失敗，拒絕了袁的這項(xiàng)空頭支票。在日本的中華革命黨立即將此６項(xiàng)條款于１９１６年２月初通告國內(nèi)外，并呼吁籌餉。此時(shí)歐洲各國的態(tài)度雖然不支持袁世凱稱帝，但仍然幫助袁世凱迫害革命黨人和愛國人士，孫中山于１月１８日致函康德黎夫人，請其夫婦促請英國政府改變對革命黨人態(tài)度，勿要再做袁的幫兇。
但歐美一些自稱民主的國家，向來不真正支持中國的民主革命運(yùn)動(dòng)，而俄、德等封建諸國，更是奉行對中國革命采取不遺余力的破壞政策。
為了推翻袁世凱的反動(dòng)統(tǒng)治，建立民主的中國，孫中山還詳細(xì)擬出了軍事計(jì)劃，即云、貴獨(dú)立以后，鄂、贛、蘇、杭等處，均準(zhǔn)備行動(dòng)，其中雖稍有泄破，然勢力仍在，元?dú)馕磦??？滔?，決注全力于粵省，旁及福建。閩粵下，與云南打成一片，南方局勢已是自治，沿江各省，自然動(dòng)搖。至于北方經(jīng)營，現(xiàn)亦大有頭緒。陜西革命軍，斷難撲滅。南方軍械補(bǔ)足，即圖大舉北發(fā)。這個(gè)軍事計(jì)劃在此次反袁斗爭中未曾用上，但在后來的護(hù)法戰(zhàn)爭和北伐中陸續(xù)得到實(shí)現(xiàn)。
袁世凱一面尋求帝國主義的支持，一面調(diào)兵遣將向革命軍猛烈反撲。１月２８日，袁軍反攻，雙方激戰(zhàn)四晝夜，袁軍第一次奪取敘州府的企圖被打碎，袁世凱不甘心受挫，又連續(xù)三次進(jìn)攻敘府。袁軍的企圖被徹底粉碎。東路蔡鍔率護(hù)國軍第二梯團(tuán)到達(dá)貴州畢節(jié)后北進(jìn)，在四川與袁軍展開激戰(zhàn)，給張敬堯以沉重打擊，使敵人聞風(fēng)喪膽。
與護(hù)國軍進(jìn)軍的同時(shí)，革命黨人在其他地方也廣泛開展武裝反袁斗爭。１月６日，廣東陳炯明在惠州起義，占領(lǐng)平山。２月８日，居正、許崇智在山東起義，一周內(nèi)連克６座縣城。２月９日，朱執(zhí)信進(jìn)攻廣州。１８日，蔡濟(jì)民等在武昌南湖策動(dòng)起義。２月２１日，楊王鵬率部于長沙進(jìn)襲將軍府和警察署，反袁斗爭迅猛地?cái)U(kuò)展。
袁世凱妄想恢復(fù)帝制的倒行逆施不但激起了全國人民的強(qiáng)烈反對，連他身邊的親信也開始離他而去。１９１５年９月，黎元洪請求辭去副總統(tǒng)職務(wù)，不再到政府議事。１０月，徐世昌請辭國務(wù)卿職。１２月，一度親袁的梁啟超離京赴滬。接著，湯化龍、熊希齡等紛紛請假離京。在袁稱帝之前，出現(xiàn)了一股政府官員棄職離京的風(fēng)潮。在護(hù)國戰(zhàn)爭如火如荼地進(jìn)行期間，１９１６年１月２７日，貴州首先宣布獨(dú)立，廣西于３月１５日也宣布獨(dú)立。接著，廣東、浙江、陜西紛紛獨(dú)立。
迫于內(nèi)外壓力，袁世凱于１９１６年３月２２日發(fā)表聲明，宣布取消帝制。但在撤銷申令中，袁的口氣依然頑固，仍以大總統(tǒng)自居，聲稱“今承認(rèn)之案業(yè)已撤銷，如有擾亂地方，自貽口實(shí)，則禍福皆由自召。本大總統(tǒng)有統(tǒng)治全國之責(zé)，亦不能坐視淪胥而不顧也。”袁下令廢止洪憲帝號(hào)，卻想保住大總統(tǒng)之位。在看到袁世凱的退位詔書后，孫中山于３月２３日又電告漢口的同志要把反袁斗爭進(jìn)行到底。４月中旬，滇、黔、桂護(hù)國軍針對袁世凱所提停戰(zhàn)議和條款提出六項(xiàng)條件：
（一）袁世凱于一定期限內(nèi)退位，可免其一死，但須驅(qū)逐至國外。
（二）依云南起義時(shí)之要求，誅戮附逆之楊度、段芝貴等十三人，以謝天下。
（三）關(guān)于帝制之籌備費(fèi)及此次軍費(fèi)，約六千萬元，應(yīng)抄沒袁世凱及附逆十三人家產(chǎn)賠償。
（四）袁世凱之子孫，三世剝奪公權(quán)。
（五）袁世凱退位后，即按約法，以黎副總統(tǒng)元洪繼任。
（六）文武官吏，除國務(wù)院外，一律仍舊供職。但軍隊(duì)駐扎地點(diǎn)，須聽?wèi){護(hù)國軍都督之指命。
但袁世凱堅(jiān)持不退位，討袁之役仍在進(jìn)行中。由于革命黨人力量相對薄弱，孫中山于３月２８日致電各地，要求把全部力量集中于上海。電謂：“款難分撥，此時(shí)務(wù)注全力于滬，以求萬全?！钡虾＿t遲未能有所動(dòng)作。孫中山又轉(zhuǎn)而把目光投向山東，讓居正“以全副精神對之，期以必占濟(jì)南，則東北全局，可迎刃而解”。
孫中山感覺到軍事人才的急缺，故請鄧澤如于南洋物色得力助手，出資派他們到日本，加以軍事訓(xùn)練，“用備他日中下級軍官之選”。另外也請鄧澤如物色軍旅以外之敢死隊(duì)，“對待毒蛇猛獸，須兼用直截了當(dāng)功夫?！辈⑶以趯懡o胡維玩的信中還提到購買兩架飛機(jī)的事，表現(xiàn)了其軍事現(xiàn)代化的設(shè)想。在緊張的革命形勢中，孫中山也不忘籌備建立中國的空軍，派周應(yīng)時(shí)與日本人坂本壽一簽訂救援飛機(jī)的契約書。
與此同時(shí)，陳其美在上海繼續(xù)苦心策動(dòng)反袁斗爭，曾約定海陸軍于４月１２日午夜同時(shí)發(fā)難，但因當(dāng)日大雨，號(hào)炮無法點(diǎn)燃而延至次日凌晨。由于事先未及通知，海陸軍未能響應(yīng)。上海討袁失敗后，陳其美又派蔣介石等進(jìn)攻江陰要塞。蔣一度占領(lǐng)要塞，終因內(nèi)部分裂而失敗。
為直接參加反袁斗爭，孫中山偕廖仲愷、戴季陶、張繼等于１９１６年４月２７日由日本啟程回國，５月１日抵上海。孫中山抵上海后，于９日發(fā)表第二次討袁宣言，強(qiáng)調(diào)保護(hù)約法，除惡務(wù)盡，對袁世凱不能遷就。孫中山還致電袁世凱，勸其退位。電文中有：“公知大勢已去，始下令取消帝政，不得為皇帝，尤冀為總統(tǒng)，公之厚顏無恥，毋乃太甚！”
孫中山還改變中華革命軍獨(dú)立進(jìn)行反袁戰(zhàn)爭的策略，致電南方獨(dú)立五省當(dāng)局，聲明要和他們共同行動(dòng)，將討袁之役進(jìn)行到底。為了表明自己的決心，孫中山還把中華革命黨的青天白日旗暫收，改用通用的五色旗。
在全國一片倒袁聲中，袁的親信陜西陳樹藩、四川陳宦、湖南湯薌銘先后宣布獨(dú)立。袁眾叛親離，病情加重，于１９１６年６月６日死亡。至此，孫中山領(lǐng)導(dǎo)的護(hù)國戰(zhàn)爭結(jié)束。
孫中山高舉“護(hù)法”大旗，南下組織軍政府，但不久第一次護(hù)法斗爭失敗。援閩粵軍重占廣州，他重新南下組織正式的國民政府，就任非常大總統(tǒng)。
袁世凱死后，黎元洪繼任大總統(tǒng)，孫中山立即給他打電報(bào)，提出恢復(fù)民初臨時(shí)約法的問題：“中邦專制，歷數(shù)千年，共和方新，忽被摧挫，去亂圖治，愿力反前人所為。有如規(guī)復(fù)約法，尊重國會(huì)，尤不容緩?！庇衷诮o黃興的電報(bào)中說：“……袁死，黎能復(fù)約法、召國會(huì)，當(dāng)息紛爭、事建設(shè)，以昭信義，固國本。”
“舊約法”即民國元年南京臨時(shí)政府參議院制定施行的中華民國臨時(shí)約法，它是中國第一部民主共和制憲法，有別于民國三年（１９１４年）袁世凱一手炮制為其專制統(tǒng)治服務(wù)的中華民國約法。“舊國會(huì)”是１９１２年末至１９１３年初第一次選舉產(chǎn)生的國會(huì)，袁當(dāng)上大總統(tǒng)后即通過剝奪國民黨議員資格使之不足法定人數(shù)而無法開會(huì)?；謴?fù)兩者是維護(hù)民主共和制所必需。在輿論壓力下，１９１６年６月２９日，黎元洪發(fā)布命令，遵行臨時(shí)約法和召集國會(huì)。不久，國會(huì)復(fù)會(huì)，民主與法治初顯曙光。然而不久，風(fēng)云迭變。
首先是以黎元洪為首的總統(tǒng)府與以段祺瑞為首的國務(wù)院之間，因參加第一次世界大戰(zhàn)問題爆發(fā)了府院之爭。黎元洪召安徽督軍張勛進(jìn)京調(diào)停，張卻暗中與段密謀，到京后逼黎解散國會(huì)，接著讓黎下臺(tái)，黎逃入外國使館。張勛在京擁廢帝溥儀重登大寶，改元宣統(tǒng)，實(shí)行復(fù)辟。段祺瑞乘機(jī)打出反復(fù)辟旗號(hào)，組織討逆軍，進(jìn)軍北京，趕走張勛。１３日，溥儀退位，段祺瑞以再造共和的功臣自居，出任國務(wù)總理。段復(fù)出后，拒絕恢復(fù)臨時(shí)約法和國會(huì)，廢棄共和政體，實(shí)行武人專制。
自張勛復(fù)辟后，孫中山即舉起護(hù)法大旗。段的武力統(tǒng)一政策也直接威脅到西南軍閥的地盤，故孫中山的護(hù)法得到了西南軍閥某種程度的支持。７月６日，孫中山率海軍應(yīng)瑞、應(yīng)琛兩艦離滬南下護(hù)法，７月１７日到達(dá)廣州。在到達(dá)廣州的當(dāng)晚，即發(fā)表演說揭露復(fù)辟是北洋軍閥所布置的政治圈套，他說：“段祺瑞引用段芝貴、倪嗣沖這些復(fù)辟派做討逆軍統(tǒng)帥，以逆討逆，忠奸不分。今天的中國，不是復(fù)辟與共和之爭，而是真共和與假共和之爭。今天真復(fù)辟者少，假共和者多?！币徽Z道破段祺瑞之流的陰謀詭計(jì)。
１９１７年，廣州非常國會(huì)，選舉孫中山為大元帥
孫中山等率部分駐滬海軍抵廣州后，邀國會(huì)議員赴粵，并致電和派人聯(lián)絡(luò)西南軍閥陸榮廷、唐繼堯等人，共圖推翻以段為首的北洋政府。２２日程璧光率海軍第一艦隊(duì)開赴廣州壯大護(hù)法聲勢。多數(shù)國會(huì)議員也不滿段祺瑞的毀法專制，紛紛南下。因南下議員不足法定人數(shù)，孫中山便提議召開非常國會(huì)。
８月２５日國會(huì)非常會(huì)議在廣州召開。９月１日國會(huì)非常會(huì)議選舉孫中山為中華民國海陸軍大元帥，陸榮廷、唐繼堯?yàn)樵獛洝５o(hù)法政府并未得到西南軍人的實(shí)際支持，９月８日唐繼堯來電不受元帥職，孫中山去電勸勉，又派人攜元帥印親赴云南勞軍，但唐繼堯還是不合作。陸榮廷也致電非常國會(huì)表示反對另組政府，主張黎元洪總統(tǒng)復(fù)職。非常國會(huì)對陸的這個(gè)態(tài)度未敢指責(zé)，孫中山也通電表示了迎黎的態(tài)度。桂系廣東督軍陳炳焜則表示“反段不反馮”，對在廣州組織軍政府，表示不贊成也不干涉，西南軍閥的態(tài)度埋下了護(hù)法失敗的隱患。
護(hù)法之役從湖南開始。軍政府成立前，段祺瑞為實(shí)現(xiàn)武力統(tǒng)一的計(jì)劃，派心腹傅良佐為湖南督軍，并將北洋軍源源輸入川省，湖南各界大為不滿。９月１８日，零陵鎮(zhèn)守使劉建藩通電宣告湖南獨(dú)立。湖南局勢嚴(yán)重，威脅到桂系。北洋軍如果占領(lǐng)全湘，接下來必然是兩廣，因此陸榮廷主動(dòng)邀請護(hù)法軍政府出兵援湘。１０月６日，護(hù)法軍湘軍指揮部成立，任命程潛為總司令。陸榮廷指揮兩廣軍隊(duì)援湘，唐繼堯親率滇黔軍隊(duì)援川，分別與南下的北洋軍交戰(zhàn)，護(hù)法戰(zhàn)爭正式爆發(fā)。
孫中山與舊國民黨各派勢力也發(fā)動(dòng)各省黨人組織護(hù)法武裝，起義討逆。在短短三四個(gè)月內(nèi)，護(hù)法戰(zhàn)爭遍及粵、桂、湘、閩、滇、黔、川、鄂、陜９省，贛、浙、蘇、皖、豫、魯、甘等省及東北地區(qū)也出現(xiàn)規(guī)模不等的護(hù)法武裝及活動(dòng)。
但是桂、滇等西南實(shí)力派雖然標(biāo)幟“護(hù)法”以抵制北洋軍南侵，其意卻在割據(jù)自雄，而北洋政府內(nèi)部也有著利益之爭。直系為了對抗皖系的力量，高喊“和平統(tǒng)一”，竭力保持西南各省的實(shí)力。斗爭的結(jié)果，段祺瑞辭去國務(wù)總理一職。西南軍閥本來就不是真心護(hù)法，現(xiàn)在更是與直系勾結(jié)，反過來破壞護(hù)法運(yùn)動(dòng)。１２月，陸、唐二人未經(jīng)孫中山同意，自行在湖南、四川兩線宣布單方面停戰(zhàn)。１９１８年西南軍閥另組“中華民國護(hù)法各省聯(lián)合會(huì)”，謀求南北議和，孫中山堅(jiān)決反對。為了把孫中山排擠出護(hù)法運(yùn)動(dòng)，西南軍閥又欲收買非常國會(huì)。３月，段祺瑞重新上臺(tái)，組織北洋軍反攻，護(hù)法軍占領(lǐng)的地盤很快大部丟失。４月，非常國會(huì)秉西南軍閥旨意通過軍政府組織大綱修正案，改組軍政府，將大元帥制改為總裁合議制，孫中山的領(lǐng)導(dǎo)地位受到排擠，軍政府大權(quán)落入西南實(shí)力派手中。
１９１８年夏，孫中山被桂系排擠出南方軍政府，６月孫中山辭職離開廣東赴上海，他憤怒地指責(zé)南北軍閥都是“一丘之貉”。第一次護(hù)法運(yùn)動(dòng)失敗。
寓居上海期間，孫中山時(shí)刻關(guān)心著中國時(shí)局，潛心著述，其間護(hù)法粵軍陳炯明部和許崇智部繼續(xù)戰(zhàn)斗，先后奪取閩南２６縣，建立了閩南護(hù)法區(qū)，有了一塊立足地。
其實(shí)，早在民國初年，孫中山與南北軍閥的較量中，就深為沒有一支自己能掌握的武裝力量而苦惱。因此在廣州護(hù)法時(shí)，孫就著意培植援閩粵軍總司令陳炯明。孫中山給陳炯明極大的支持和贊助，先后派朱執(zhí)信、廖仲愷、許崇智、戴季陶等前往漳州，協(xié)助陳炯明工作。并從經(jīng)濟(jì)上給予陳炯明大力的援助。在孫中山的傾力支持下，陳炯明經(jīng)過一番苦心經(jīng)營，使僻居一隅的漳州名聲大振，儼然成為革命的新的政治、軍事中心。
１９２０年８月，孫中山回師廣州，重組政府，自己出任非常大總統(tǒng)，陳炯明集內(nèi)務(wù)總長、陸軍總長、粵軍總司令、廣東省長４職于一身，成為廣東國民政府的鐵腕人物。但陳與孫在政見上一向分歧很大，陳炯明積極參與“聯(lián)省自治”運(yùn)動(dòng)，聯(lián)絡(luò)各地方實(shí)力派反對孫中山北伐的主張。
１９２２年２月３日，經(jīng)過充分準(zhǔn)備，孫中山以大元帥的名義命令各軍分路北進(jìn)，出師北伐。
但是，留守廣東的陳炯明對孫中山的北伐命令采取陽奉陰違的態(tài)度，暗地與直系軍閥吳佩孚勾結(jié)。在這之前，陳炯明派人在廣九鐵路大沙頭車站暗殺了已經(jīng)覺察其陰謀活動(dòng)的粵軍參謀長鄧鏗。不久，孫中山下令準(zhǔn)陳炯明辭去粵軍總司令和廣東省長職務(wù)。
１９２２年６月１日，孫中山命胡漢民留守韶關(guān)大本營，自己則率衛(wèi)士回到廣州。孫中山之所以放心地回到廣州，是因?yàn)橥艟l(wèi)、馬君武的報(bào)告。汪、馬二人曾去惠州見陳炯明，陳對他們發(fā)誓，無論從黨誼或人格，絕對不反孫中山，部下各級將領(lǐng)也絕無反對之人。倘有不聽命令而反對孫中山者，“吾惟有自殺以謝國人”。汪、馬不知是詐，信以為真，遂報(bào)告給孫中山。孫中山也相信陳炯明的誓言，不疑他會(huì)背叛自己。
６月１６日晨２時(shí)，陳炯明部４０００人圍攻總統(tǒng)府，在廣州城密布崗哨，斷絕全市交通，陳部占領(lǐng)各要害機(jī)關(guān)，欲置孫中山于死地。
晨３時(shí)許，叛軍已控制全城的機(jī)關(guān)、要道。叛軍洪兆麟部湘軍于拂曉時(shí)圍攻總統(tǒng)府，府中衛(wèi)士５０余人奮力反擊，擊斃擊傷叛軍３００余人。叛軍攻擊不下，乃炮轟總統(tǒng)府，火燒粵秀樓棧橋。
６月１９日，孫中山手書北伐軍將領(lǐng)李烈鈞、許崇智、朱培德等，命令各軍迅速回師廣州，“殲此叛逆，以彰法典”。２３日，外交總長伍廷芳因陳叛變，憤郁成疾，病死在醫(yī)院，享年８１歲。孫中山號(hào)召全軍奮勇殺賊，“以盡后死者之責(zé)”。此時(shí)，陳炯明一面賄買海軍，謀襲長洲要塞，一面派鐘惺可持書到永豐艦，假意求和。７月８日，海軍三大艦“海圻”、“海琛”、“肇和”，因被陳炯明收買，叛變離去。９日，長洲炮臺(tái)失守，海軍官兵中有人主張艦隊(duì)移至西江。孫中山堅(jiān)決主張艦隊(duì)炮擊車歪炮臺(tái)，駛至省河，以待北伐軍回師。
１０日晨２時(shí)開始行動(dòng)，孫中山命令“永豐”、“楚豫”、“豫章”、“廣玉”、“寶璧”等艦，從海心岡駛至三江口。當(dāng)艦隊(duì)駛臨車歪炮臺(tái)時(shí)，發(fā)現(xiàn)叛軍布置嚴(yán)密，不敢前進(jìn)。孫中山下令以座艦“永豐”領(lǐng)先前進(jìn)，然后命令各艦勇往直前，“豫章”艦長歐陽格指揮攻擊最為得力。不料駛近炮臺(tái)時(shí)，足有二營叛軍野炮向“永豐”等艦齊發(fā)?！坝镭S”中彈６發(fā)，此時(shí)孫中山和蔣介石、謝心準(zhǔn)等立于甲板上指揮發(fā)炮。經(jīng)過２０分鐘激戰(zhàn)，艦隊(duì)通過炮臺(tái)，駛?cè)氚座Z潭集中，以策應(yīng)北伐軍回廣州。１９日，陳炯明叛軍發(fā)水雷炸“永豐”艦未逞。從７月１０日到２９日，北伐軍在回師途中與叛軍激戰(zhàn)于韶關(guān)與翁源一帶。陳炯明勾結(jié)直系軍閥，采取南北夾攻之策，北伐軍彈糧困乏，損失重大，被迫退往江西和湖南邊境。
孫中山的武裝討逆，經(jīng)過５９天的戰(zhàn)斗，在陸上北伐軍失利、海上孤軍無援的情況下，決定離粵赴滬。８月９日下午，孫中山偕蔣介石、陳策、黃惠龍，乘英艦“摩軒號(hào)”到達(dá)香港，轉(zhuǎn)乘俄國“皇后號(hào)”郵船赴滬。
孫中山脫離了白鵝潭之困后，傾注心血而慘淡經(jīng)營的粵軍幾乎全部瓦解；他雖然指揮軍隊(duì)與叛軍進(jìn)行了將近兩個(gè)月的戰(zhàn)斗，但最后卻不得不放棄他從事革命以來唯一的一塊根據(jù)地。
